Остаётся ли рабочее место за сотрудником, который ушёл на спецоперацию?

Работодатель сохраняет место для военнослужащего, а трудовой договор приостанавливается.
После завершения срока службы, работник может вернуться в компанию в течение трёх месяцев. А если должность занята, ему предложат другую вакансию.

Приостановить можно только бессрочный трудовой договор мобилизованного работника?

Приостанавливаются бессрочные и срочные трудовые договоры, служебные контракты, а также договоры в период испытательного срока.

После окончания службы сотрудник должен в течение трёх дней известить работодателя, чтобы сохранить действие трудового договора?

Работник может вернуться на прежнее место в течение трёх месяцев, но предупредить о выходе нужно за три дня.